Il 21 marzo 1910, il Supremo Consiglio d’Italia di Saverio Fera fondò la Serenissima Gran Loggia d’Italia, in seguito denominata Obbedienza Piazza del Gesù per l’ubicazione della sua sede centrale in Roma. Due anni dopo (ottobre 1912) la Conferenza mondiale dei Supremi Consigli, riunita a Washington, riconobbe quale legittimo e regolare il Supremo Consiglio, e di conseguenza la Serenissima Gran Loggia, sua espressione nell’Ordine.
Alla morte di Fera (29 dicembre 1915), si alternarono alla guida della Comunione i Sovrani Gran Commendatori Gran Maestri Leonardo Ricciardi, William Burgess e Vittorio Raul Palermi; quest’ultimo nel 1925 fu costretto dalla nota legge fascista Sulla disciplina di associazioni, enti, istituti, a porre in sonno l’Istituzione.
L’Obbedienza rinacque il 4 dicembre 1943 in casa di Salvatore Farina in via Priscilla 56 a Roma, dove fu ricostituito il Supremo Consiglio ed eletto Sovrano Gran Commentatore p.t. l’avvocato Carlo de Cantellis. Questi rimase in carica fino a quando la Capitale non fu liberata; il 21 giugno 1944, infatti, rimise il mandato a Palermi scrivendogli: “Con la liberazione odierna di Roma, tutte le cariche elette il 4/12/43 cessano dalle loro funzioni e quindi io, perché tu, quale Sovrano Gran Commentatore e Gran Maestro, possa riunire le sparse forze del Nostro Ordine”.
Seguirono i confusi anni del secondo dopoguerra, caratterizzati da continue scissioni, riunificazioni e litigi. Gran Maestri e Sovrani Gran Commendatori si succedettero in un breve lasso di tempo: fra gli altri ricordiamo Pietro Di Giunta, Attilio Prodam, Giulio Cesare Terzani, Ernesto Villa, Domenico Franzoni, Ermanno Gatto, Tito Ceccherini.
Il 24 giugno 1962 si riunì a Roma la Grande Assemblea Elettorale che elesse Gran Maestro, con due soli voti contrari, Giovanni Ghinazzi; egli rimase ininterrottamente alla guida dell’Obbedienza fino alla morte, che lo colse il 14 novembre 1986. Nei suoi ventiquattro anni di mandato Ghinazzi vide fondare 237 Officine, regolarizzarne 14, riemergerne 20. Inoltre, stipulò numerosi Trattati di Amicizia fra la Gran Loggia d’Italia e numerose Comunioni straniere.
Il 22 giugno 1965 la Comunione assunse la denominazione di Gran Loggia d’Italia degli ALAM. Nella stessa data fu ufficialmente inaugurata la sede centrale di Roma, sita in Palazzo Vitelleschi in via San Nicola de’ Cesarini 3, Area Sacra di Torre Argentina.
Alla morte di Giovanni Ghinazzi subentrò in via provvisoria il Luogotenente Mario Bogliolo fino alle elezioni del 7 marzo 1987, che consacrarono Sovrano Gran Commentatore Gran Maestro Renzo Canova, rieletto per due mandati, il 2 dicembre 1989 e il 12 dicembre 1992. Durante i suoi mandati fu completato l’acquisto della sede centrale, fondata la casa editrice EDIMAI e la rivista “Officinae”.
Il 16 dicembre 1995 la Grande Assemblea elettorale scelse come nuovo Gran Maestro Franco Franchi, confermato nell’incarico il 5 dicembre 1998. Nel corso del suo Gran Magistero promosse la Conferenza internazionale a Castellammare di Stabia del Dicembre 2001, ove fu fondata l’Unione Massonica del Mediterraneo. Suo successore fu Luigi Danesin; nel corso del suo mandato venne restaurata la sede di Palazzo Vitelleschi (marzo 2003) e si celebrò nel 2005 l’anniversario di duecento anni dalla fondazione del Supremo Consiglio d’Italia. Alla scadenza di questo Magistero, il 1° dicembre 2007, fu chiamato a ricoprire la suprema carica Luigi Pruneti, XVIII Sovrano Gran Commentatore Gran Maestro della Gran Loggia d’Italia, che ha retto la Comunione per sei anni. In questo periodo l’Obbedienza si è distinta per una impronta culturale e per la intensificazione dei rapporti con le Potenze Massoniche estere.
Il 4 dicembre 2013 la Grande Assemblea eleggeva Sovrano Gran Commendatore Gran Maestro Antonio Binni, confermato alla scadenza del primo mandato per altri tre anni. All’indomani della elezione del 17 dicembre 2016, la Comunione veniva però scossa da una grave crisi, provocata da una serie di atti illegittimi del Sovrano Gran Commendatore Gran Maestro, cui faceva seguito la fuoriuscita di alcune migliaia di iscritti. In questa situazione di emergenza il Supremo Consiglio assumeva il governo della Comunione, anche per quanto riguarda l’Ordine, fino al 17 dicembre 2017, data in cui convocava un’Assemblea costituente per fondare l’Obbedienza autonoma denominata Gran Loggia d’Italia di Rito Scozzese ed affidare il mandato provvisorio di Gran Maestro a Sergio Ciannella, in attesa dell’eventuale riassorbimento della Gran Loggia d’Italia degli A.L.A.M.